日本カトリック神学院の前身は古く、1871年(明治4年)、東京に設立された「伝道学校」(ラテン学校)で神学生の養成が開始された時にまで遡ります。しかし、この「伝道学校」は、数度の移転・中断・再開が繰り返されました。1929年(昭和4年)には、ようやく石神井村字関(東京キャンパスの現在地)に「東京公教大神学校」(聖フランシスコ・ザベリオ大神学校)という名称で、東京教区の大神学校が設立され、パリ外国宣教会にその運営が任されていました。

 そして、1932年には、全日本教区長会議で「東京公教大神学校」を、正式に全日本の神学校にする計画が取り上げられ、同時に、将来、九州のためにもう一つの大神学校を設立することが提言されました。これに基づいて、1947年には「東京公教大神学校」の名称が変更されて、北海道・本州・四国の11教区(東京教会管区と大阪教会管区)のための「東京カトリック神学院」が開校され、イエズス会に運営が委託されました(1970年には、11教区の司教団に移管)。また、翌年の1948年には、九州・沖縄(長崎教会管区)の5教区のための大神学校として、「福岡サン・スルピス大神学院」が開校され、サン・スルピス司祭会カナダ管区に運営が委託されました。

 この「東京カトリック神学院」(1947年設立)と、「福岡サン・スルピス大神学院」(1948年設立)が、教皇庁福音宣教省の認可(2008年11月18日付)を得て合同され、それぞれの敷地・建物を「二つのキャンパスとする一つの神学院」として、2009年4月1日に開校したのが「日本カトリック神学院」です。日本の全16教区の司教団のもとでカトリック中央協議会の一事業体(一部門)として運営されています。

 現在、東京キャンパス(旧東京カトリック神学院の校舎)には、哲学科1年・2年、そして助祭(神学科4年)、福岡キャンパス(旧福岡サン・スルピス大神学院の校舎)には、神学科1・2・3年生が生活しています。

 
東京キャンパス

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福岡キャンパス

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